Ambas áreas silvestres se ubican principalmente en el sector de playa Grande y en el estero de Tamarindo, sin embargo, comprenden además otros sectores como son las playas Carbón, Ventanas y Langosta, los cerros Morro y Hermoso, los manglares San Francisco y Ventanas. El principal atractivo turístico del parque es el desove de la tortuga Baula, radica en el anidamiento de la tortuga marina más grande del mundo, un animal en peligro de extinción que se protege en Costa Rica.

En el refugio, el principal atractivo es el manglar que cuenta con árboles con excelente desarrollo. Las especies de mangle más comunes son: rojo, negro, blanco y piñuela. Estos bosques de mangle son el lugar óptimo para la reproducción de peces, crustáceos y moluscos. También se pueden observar reptiles, anfibios y aves.